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Sinossi
La storia dell'anime è ambientata nel 2027, un anno dopo la fine della quarta guerra non nucleare. New Port City si sta ancora riprendendo dalle conseguenze della guerra quando subisce un bombardamento causato da una miniera autoproprizzata. Quindi, viene ucciso un membro militare implicato nelle tangenti per la dealzione delle armi. Durante le indagini, Daisuke Aramaki della sezione pubblica si incontra Motoko Kusanagi, l'hacker a livello di Wizard Cyborg assegnato alla 501a unità segreta dell'esercito. Batou, un uomo con l '"occhio che non dorme", sospetta che Kusanagi sia quello dietro il bombardamento. Il detective della polizia prefettura di Niihama Togusa sta perseguendo i suoi doppi casi di morte e l'omicidio di una prostituta. La stessa Motoko viene osservata dal capo dell'unità segreta Kurutsu e dagli agenti cyborg.
